2006年7月30日星期日

终于搞定Sybyl-7.2!

强悍 的软件终于我的AS4上装上了!Tripos的Sybyl也是个吃资源的怪兽,难怪要SGI的工作站的呢。

基本上吸取前面几次失败的教训之后,在仔细研究配置文档后,终于如愿把Sybyl 7.2装到了Linux下。兴奋之余,发现我要上手这个软件实在有点困难。首先,操作习惯上,因为Sybyl用的是OpenMotif的GUI,所以多少有点不习惯 。不过这是小问题,最关键的是有那么多量子化学的术语都不懂。ATI的显卡驱动虽然烂,但是总算基本3D功能已经跑起来了。

那个庞大的数据库一共约有15GB,幸好数据库分成了两个,我把5GB的数据库装到系统里面了──我之前因为已经考虑到数据库的问题了,所以已经分了15GB给redhat,结果还是不够,晕倒。

Sybyl的操作实在是不符合我的习惯。Sybyl在没有转移到Linux平台的时候,因为用的是UNIX的工作站,所以都是基于Motif的。可能开发人员认为直接使用Linux的OpenMotif的开发库来移植Sybyl会比较容易些。不过苦了我们这些习惯QT和GTK+的用户。

真想给Sybyl开发小组写信反映一下,让他们把程序移植到GTK或者QT的架构上来。现在不是讲究USER-FRIENDLY吗,就算是科学计算软件也不应该例外的。

Anyway,既然已经把软件装上去了,就贴个图,哈哈。选了大家熟悉的DNA和t-RNA。不过这个软件的强悍之处可是在于量子化学运算,最适合用于新药设计。

它可以模拟药物分子和体内受体分子的结合位点的相互作用,比较结构相似的物质,用于新药的发现……找时间看看帮助文档──洋文的,唉,看的累死。

t-RNA


DNA

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